Der wesentliche Zweck der Vereinsarbeit war und ist, die Forschungsarbeit an den Erscheinungsformen und zeitübergreifenden Wirkungen des Nationalsozialismus in Krefeld und der Region zu unterstützen. Aus diesem Ansatz entstanden von Beginn an zahlreiche Aktivitäten. Schon unmittelbar nach der Gründung ergab sich die Notwendigkeit, die Maßnahmen zur Restaurierung der Campendonk – Fresken in der Villa Merländer sowohl ideell als auch organisatorisch zu unterstützen. Der nachhaltige Einsatz des Vereins für die Umsetzung der Restaurierungsmaßnahmen und auch die Bereitschaft, sich durch Spenden an den Kosten zu beteiligen, machten die Umsetzung des Projektes dann möglich.
Ein Schwerpunkt der Vereinsarbeit war von Anfang an die ehrenamtliche Unterstützung der damaligen Leiterin der Dokumentationsstelle, Dr.Ingrid Schupetta, bei abendlichen und sonntäglichen Veranstaltungen. Vorträge von Zeitzeugen, Lesungen, z.B. 2003 zum Gedenken an die Bücherverbrennungen im Jahr 1933, Ausstellungen, Kabarett-Veranstaltungen wie 1995 in der Gesamtschule Kaiserplatz, wurden mitorganisiert und finanziert. Auch die Veröffentlichung wesentlicher Publikationen, wie z.B. der Texte von Aurel Billstein, konnte mit finanzieller Unterstützung des Vereins erfolgen. Emigrierte Krefelder Juden wurden bei Besuchen in ihrer Heimatstadt von Vorstandsmitgliedern und Ehrenamtlern des Vereins begleitet und unterstützt.
Über die Jahre sorgte der Verein somit immer wieder für die Bereitstellung von Mitteln, die aus dem städtischen Etat nicht aufzubringen waren, insbesondere für zusätzliches, unterstützendes Personal, technische Ausstattung, einzelne Projekte und die bunte Mischung des Veranstaltungsprogramms. Der Leitgedanke bei allen Veranstaltungen war dabei immer die Auseinandersetzung mit der Verfolgung und Unterdrückung Andersdenkender sowie die eindeutige Positionierung gegen Gewalt, gegen Diktatur und gegen Rassismus. Die aktuelle Veranstaltungsreihe „Montagsimpulse“, die mit dem Übergang der Geschäftsführung auf die Historikerin Sandra Franz im Juli 2018 entstanden ist, greift diesen Leitgedanken in besonderer Weise auf.
Ein ebenso hervorzuhebendes Arbeitsfeld des Vereins Villa Merländer ist die Kooperation mit mehreren Krefelder Schulen. Im Sinne des oben genannten Leitgedankens unterstützt der Verein die Bildungsarbeit dieser Schulen und ermöglicht Lerngruppen Führungen und die Teilnahme an Informations- und Diskussionsveranstaltungen.
Im Wechsel gestalten Schulen Gedenkveranstaltungen, so am 27. Januar eines jeden Jahres anlässlich der Befreiung des Lagers Auschwitz-Birkenau. Seit 2004 kooperieren Schulen im Zusammenhang mit der Verlegung von „Stolpersteinen“, mit denen stadtweit an die Schicksale Krefelder Juden erinnert wird. Aus dieser Kooperation sind im Laufe der Jahre feste Patenschaften mehrerer Schulen für die mittlerweile im gesamten Stadtgebiet verlegten Steine geworden. Die etablierte Umsetzung dieses Projektes ist besonders durch das Engagement der gegenwärtigen Vorsitzenden Sibylle Kühne-Franken möglich geworden.